6000 v. Chr. ist Rügen von Germanen besiedelt. 3000-600 v. Chr. entstehen Großsteingräber und Hügelgräber, die auch heute noch auf der Insel zu sehen sind.
Die Insel wird von den Rugiern bewohnt, die der Insel ihren Namen geben. 300 n. Chr. ist Rügen durch eine stattfindende Völkerwanderung fast ohne Einwohner. 200 Jahre später siedeln sich die Ranen auf der Insel an. Im Jahr 1186 erobert der dänische König Waldemar I. die Insel. Im 14. und 15. Jahrhundert herrscht der Adel über Rügen. Rügen fällt 1325 an Pommern.

1648 fällt die Insel an Schweden. Im 17. und 18. Jahrhundert werden die meisten Insulaner zu Leibeigenen. Im Jahr 1769 wird einer der bekanntesten Insulaner geboren – Ernst Moritz Arndt erblickt in Groß Schoritz das Licht der Welt.

1805 wird die Leibeigenschaft auf Rügen durch den schwedischen König aufgehoben. 10 Jahre später wird die Insel nach dem Wiener Kongress preußisch. 1816 wird das erste Seebad in Putbus gegründet. 1860 wird das Seebad Sassnitz zum populärsten Seebad der Insel. 1895 unternimmt der „Rasende Roland“ seine Jungfernfahrt.

1936 wird der Rügendamm errichtet, der auch heute noch die Insel mit dem Festland verbindet. Während des Nationalsozialismus wird das „Kraft durch Freude“-Bad Prora errichtet. Der Bau bleibt unvollendet. 1945, nach dem Krieg, werden die Gutsbesitzer enteignet und das Land neu aufgeteilt. Sowjetische Truppen besetzen die Insel.